Подрядчик не выполнил работы в полном объеме

Наша организация являлась подрядчиком по муниципальному контракту на выполнение строительных работ. Работы были выполнены 2 года назад, приняты заказчиком по Актам КС-2 без замечаний и возражений, также на актах расписался представитель технического надзора заказчика, подтвердившие, что объемы работ соответствуют указанным в актах. Срок гарантийных обязательств подрядчика по контракту 5 лет. Вот сейчас спустя 2 года заказчик предъявляет нам претензии по выполненным работам. Он провел независимую экспертизу, фактически выполненных работ с контрольными обмерами которая показала, что результат работ не соответствует указанным в актах работам. Например, они ссылаются на отсутствие лестниц в люках, выполнения крышек люков из пластика, а не из чугуна, как это было предусмотрено по проекту и целый ряд других недостатков, с которыми не согласны, т.к. прошло больше 2 лет с момента передачи им облета, мы его не эксплуатировали, что там с ним происходило, нам не известно, кроме такого, заказчик не сообщал нам ни о каком гарантийном случае либо поломке, но просит нас перевыполнить все работы снова, ссылаясь на нарушение гарантийных обязательств

В договоре подряда сказано, что за нарушение заказчиком срока оплаты выполненных работ подлежит начислению неустойка в размере 0,5% от суммы задолженности за каждый день просрочки, но всего не более 5% от суммы задолженности. Как обойти ограничение неустойки по договору и можно ли за период, не покрытый договорной нестойкой, начислить проценты за пользование чужими денежными средствами?

Мы заказчики по договору подряда. В тексте нашего договора на случай обнаружения некачественно выполненных подрядчиком работ, есть такие пункты:
В соответствии с п. 10.3 договора в случае обнаружения в течение гарантийного срока недостатков (дефектов) генеральный подрядчик обязан устранить их за свой счет в согласованные с заказчиком и эксплуатирующей организацией сроки.
Согласно п. 10.4 договора при письменном отказе генерального подрядчика от выполнения гарантийного ремонта объекта или в случае, если в течение 10 календарных дней от генерального подрядчика не получен письменный ответ на предложение осуществить гарантийный ремонт объекта, заказчик вправе привлечь к осуществлению гарантийного ремонта другую организацию с оплатой расходов за счет генерального подрядчика.
Можем ли мы предъявить подрядчику требования не о возмещении стоимости работ, выполненных другой подрядной организацией по устранению недостатков, а об уменьшении стоимости работ по договору подряда, если такой пункт в договоре отсутствует?

У нас заключен договор подряда, к нему утверждена смета. Цена по договору является твердой и может быть изменена только по соглашению сторон. В процессе производства работ выяснилось, что часть работ, включенных в смету, заактировать мы не можем, в связи с тем, что работы мы выполнили в теплое время года, а не в зимний период, как изначально планировалось. Выполненные же работы заактированы и приняты заказчиком. Дополнительное соглашение к договору не подписывалось. Как быть с тем объемами, которые указаны в смете. Можем ли мы требовать от заказчика оплаты стоимости невыполненных, но указанных в смете работ, ссылаясь на экономию подрядчика?