Могут ли отказать в налоговом вычете

Здравствуйте Антон Евгеньевич!
Пунктом 3 ст. 210 НК РФ установлено, что налоговая база по НДФЛ для доходов, в отношении которых предусмотрена налоговая ставка, установленная п. 1 ст. 224 НК РФ (13 процентов), определяется как денежное выражение таких доходов, подлежащих налогообложению, уменьшенных на сумму налоговых вычетов, предусмотренных ст. ст. 218 - 221 НК РФ.
Из пп. 3 п. 1 ст. 220 НК РФ следует, что при определении размера налоговой базы по НДФЛ в соответствии с п. 3 ст. 210 НК РФ налогоплательщик имеет право, в частности, на получение имущественного налогового вычета в сумме фактически произведенных расходов на приобретение на территории Российской Федерации квартиры.
Данный вычет может быть предоставлен налогоплательщику, в частности, при подаче декларации в налоговый орган по окончании налогового периода на основании письменного заявления (п. 7 ст. 220 НК РФ). Для подтверждения права на имущественный налоговый вычет на приобретение квартиры налогоплательщик представляет:
- договор купли-продажи квартиры;
- документы, подтверждающие право собственности на квартиру;
- платежные документы, подтверждающие уплату денежных средств за указанную квартиру (пп. 6 п. 3 ст. 220 НК РФ).
Согласно п. 2 ст. 226 НК РФ исчисление сумм и уплата налога в соответствии со ст. 226 НК РФ производятся в отношении всех доходов налогоплательщика, источником которых является налоговый агент (за исключением доходов, в отношении которых исчисление сумм и уплата налога производятся в соответствии со ст. ст. 214.3, 214.4, 214.5, 214.6, 226.1, 227 и 228 НК РФ), с зачетом ранее удержанных сумм налога, а в случаях и порядке, предусмотренных ст. 227.1 НК РФ, также с учетом уменьшения на суммы фиксированных авансовых платежей, уплаченных налогоплательщиком.
Налоговые агенты обязаны перечислять суммы исчисленного и удержанного налога не позднее дня, следующего за днем выплаты налогоплательщику дохода, а при выплате пособий по временной нетрудоспособности (включая пособие по уходу за больным ребенком) - не позднее последнего числа месяца, в котором производились такие выплаты (п. 6 ст. 226 НК РФ). Следовательно, при несвоевременном перечислении удержанного НДФЛ задолженность по налогу возникает именно у налогового агента, а не у налогоплательщика, поскольку у него нет обязанности перечислять НДФЛ в бюджет (пп. 5 п. 3 ст. 45, п. 1 ст. 46 НК РФ).
Неправомерное неудержание и (или) неперечисление (неполное удержание и (или) перечисление) в установленный НК РФ срок сумм налога, подлежащего удержанию и перечислению налоговым агентом, влечет взыскание штрафа в размере 20 процентов от суммы, подлежащей удержанию и (или) перечислению (ст. 123 НК РФ). Кроме того, налоговый орган имеет право взыскивать с налогового агента, удержавшего налог, сумму не перечисленного в бюджет налога, а также пени (п. 2 ст. 46, п. 7 ст. 75, п. 9 ст. 226 НК РФ, п. 2 Постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 57 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами части первой Налогового кодекса Российской Федерации").
Что касается имущественного вычета, то, если организация - налоговый агент своевременно и в полном объеме удержала НДФЛ, но не перечислила сумму налога в бюджет, физическое лицо при соответствующем документальном подтверждении расходов, связанных с приобретением квартиры, имеет право на получение такого вычета (Письмо ФНС России от 15.06.2012 N ЕД-3-3/2090@).
Следовательно, то, что в дальнейшем сумма удержанного с работника НДФЛ, возможно, не будет взыскана с организации, значения не имеет.